南京紫金医院由第二军医大学南京军医学院脑血管病康复治疗中心(1987)发展而来，1993年经南京市卫生局批准更名为“南京紫金医院”，历经37年发展，现为三级康复医院。南京紫金医院与南京脑科医院、南医大附属逸夫医院等医疗机构组成医联体，方便患者双向转诊。